Исследование: анализ внеклеточной ДНК выявляет опухоль головного мозга при неопределенных результатах МРТ
Специалисты оценили применение секвенирования вкDNA в спинномозговой жидкости, полученной при люмбальной пункции. Образцы собирали с августа 2021 года по декабрь 2024 года. В зависимости от клинической задачи исследователи применяли таргетное NGS-секвенирование и низкопокровное полногеномное секвенирование (LPWGS), позволяющее выявлять варианты генов и изменение числа копий участков ДНК.
В 35 случаях (46%) анализ назначили при обнаружении на МРТ поражений неизвестной природы, которые не подвергались биопсии. Еще 21 образец (28%) исследовали, чтобы отличить истинное прогрессирование опухоли от изменений, связанных с лечением. В 20 случаях (26,3%) анализ использовали для проверки подозрения на лептоменингеальное заболевание – распространение опухолевых клеток на оболочки головного и спинного мозга.
В 26,3% образцов исследователи выявили генетические изменения, указывающие на наличие опухоли. В 38,2% случаев такие изменения обнаружить не удалось, а в 35,5% образцов количество ДНК оказалось недостаточным для полноценного анализа.
Доля положительных результатов была сопоставимой во всех трех группах: 27% при поражениях неизвестной природы, 23,8% при оценке прогрессирования заболевания и изменений после лечения и 25% при подозрении на лептоменингеальное заболевание. Авторы отметили, что вероятность обнаружения генетических изменений была связана с концентрацией вкDNA, а не с объемом исследованной спинномозговой жидкости.
В образцах с выявленными опухолевыми изменениями обнаружили различные генетические нарушения, в том числе мутации TP53, APC, TERT, BRAF, IDH1 и MYD88. В отдельных случаях анализ позволил выявить характерные для опухоли изменения, например одновременную потерю генетического материала с короткого (1p) и длинного плеча хромосомы (19q). При сравнении результатов секвенирования спинномозговой жидкости и опухолевой ткани у трех пациентов исследователи также обнаружили совпадающие мутации, хотя доступность тканевых образцов для сопоставления была ограничена.
В общей группе пациентов выявление опухолевых генетических изменений в спинномозговой жидкости было связано с более низкой общей выживаемостью по сравнению с отрицательными результатами или недостаточным количеством ДНК. Сходная тенденция наблюдалась и при подозрении на лептоменингеальную болезнь. При оценке прогрессирования опухоли и изменений после лечения статистически значимых различий в выживаемости ученые не выявили.
Авторы подчеркнули, что отрицательный результат не исключает наличия опухоли. На чувствительность метода могут влиять расположение новообразования и индивидуальные различия в высвобождении опухолевой ДНК. Кроме того, в 35,5% образцов материала оказалось недостаточно для анализа, что указывает на необходимость совершенствования технологий секвенирования, рассчитанных на низкую концентрацию cfDNA.
В конце сентября возможности применения анализа внеклеточной ДНК оценила и группа ученых из Канады и Великобритании. Специалисты обнаружили, что характерные изменения метилирования ДНК в определенных регуляторных участках генома можно обнаружить в крови за 5–8 лет до клинического выявления опухоли. На основе таких изменений, посчитали эксперты, возможно выделить группу людей с повышенным риском развития ЗНО.
