В настоящее время действующим законодательством не предусмотрена дифференциация порядка формирования отпускных цен на лекарственные препараты, включенные в перечень ЖНВЛП, в зависимости от налоговых режимов, используемых организациями оптовой и розничной торговли лекарственными препаратами. Действующими правилами установления предельных размеров оптовых и предельных размеров розничных надбавок к фактическим отпускным ценам производителей на лекарственные препараты, включенные в Перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов, в субъектах РФ предусмотрен расчет оптовой и (или) розничной надбавки к фактической отпускной цене производителя на ЖНВЛП без налога на добавленную стоимость. В связи с этим ФАС России считает, что организациям оптовой торговли и организациям розничной торговли, находящимся на общей системе налогообложения (то есть являющимися плательщиками НДС), необходимо формировать отпускную цену на ЖНВЛП, суммируя цену приобретения ЖНВЛП без НДС (если поставщик ЖНВЛП является плательщиком ЕНВД или находится на УСН, то есть не является плательщиком НДС, фактическую цену приобретения ЖНВЛП у такого поставщика), надбавку (размер которой не превышает предельный размер оптовой или розничной надбавки, установленный в субъекте РФ для данной ценовой группы), исчисленную от фактической отпускной цены производителя без НДС, и налог на добавленную стоимость, исчисленный от суммы, полученной в результате сложения вышеуказанных цен приобретения и надбавки.
Организации оптовой торговли и организации розничной торговли, находящиеся на УСН или являющиеся плательщиками ЕНВД, формируют отпускную цену на ЖНВЛП, суммируя цену приобретения ЖНВЛП у поставщика (реальные расходы организации на приобретение ЖНВЛП, независимо от режима налогообложения, применяемого поставщиком) и надбавку (размер которой не превышает предельный размер оптовой или розничной надбавки, установленный в субъекте РФ для данной ценовой группы), исчисленную от фактической отпускной цены производителя без НДС.
