Там то же, что у нас

NCBI уже с неделю радует сообщениями в стиле Википедии о нехватке средств и возможном скором закрытии. А причина вот в чем. Конгресс США единогласно принял закон, согласно которому почти миллион бюджетников получат зарплаты только после кризиса, а пока все отправлены в неоплачиваемый отпуск. В числе попавших под раздачу оказалось и новое чудо света — Национальный Центр Биотехнологической Информации. Так что пост будет посвящен ему.
Еще в середине 80х прочтение последовательности ДНК представляло жутко трудоемкую и дорогую операцию. Нужно было выделеть небольшой фрагмент, вставить его в специальную молекулу ДНК — так называемый вектор, этим вектором протрансформировать бактерию. Далее бактерии росли и множились, размножая наш фрагмент, который затем выделяли, обрабатывали специальными ферментами и метили радиоактивными метками. В конце процесса получали «лесенку», где каждый нуклеотид представлен отдельным столбцом, а присутствие его — полоской в этом столбце. В итоге получалась картинка вроде приложенной к посту.
Длина прочитанной таким образом строки составляла… двести–триста оснований. В то время как размер маленькой плазмиды составлял несколько тысяч оснований, геном бактерии — около четырех миллионов, а у эукариот счет шел на миллиарды.
А способ поделится результатом труда был только один — нужно было опубликовать последовательность в научном журнале. Не стоит описывать, насколько это было неудобно, как для тех, кто публиковался, так и для тех, кто читал. И вот в 1988м году одна из крупнейших научных организаций США, Национальный Институт Здоровья, создала для этих целей базу, доступную в тогда только появлявшимся интернете, и даже устраивала рассылку дампов базы на сд–дисках для тех, кто не имел доступа к интернету. Теперь, вместо того чтобы публиковать несколько страниц малопонятных букв исследователям достаточно было лишь указать в статье ID записи.
Технологии развивались, на смену радиоактивным меткам пришли флюоресцентные, а на смену стекол с гелем и ванночек с фотопроявителем — полностью автоматические секвенаторы. Рос и NCBI — в начале 90х туда встроили программу BLAST, позволяющую сравнивать вновь полученную последовательность с уже известными, так что получив последовательность неизвестного гена, можно было уже сразу пересказать многие его свойства.
Кроме того, в NCBI вросли десятки других баз данных, например библиографическая база научных и медицинских Pubmed, база метаболических путей KEGG, тезаурус болезней человека и тд. Удобство такой интеграции даже трудно описать — смотришь статью, переходишь к последовательности гена, далее к его родственникам, смотришь, с какими болезнями эти гены связаны и тд.
Да и количество записей росло на зависть закону Мура. Наконец, в середине нулевых стали появляться технологии секвенирования нового поколения, благодаря многим из которых стало возможно прочесть геном человека за один запуск прибора; что даже вызвало некоторую панику тех, кто занимается обработкой этих данных.
И вот, над предвестником технологической сингулярности сгустились тучи. Возможно, уникальная инфраструктура будет скуплена Гуглом, или просто развалится, пока власть предержащие будут продолжать делить госбюджет. Нам, помнящим 90е, второй вариант не кажется невероятным.

 

Написал tataat

NCBI уже с неделю радует сообщениями в стиле Википедии о нехватке средств и возможном скором закрытии. А причина вот в чем. Конгресс США единогласно принял закон, согласно которому почти миллион бюджетников получат зарплаты только после кризиса, а пока все отправлены в неоплачиваемый отпуск. В числе попавших под раздачу оказалось и новое чудо света — Национальный Центр Биотехнологической Информации. Так что пост будет посвящен ему.
Еще в середине 80х прочтение последовательности ДНК представляло жутко трудоемкую и дорогую операцию. Нужно было выделеть небольшой фрагмент, вставить его в специальную молекулу ДНК — так называемый вектор, этим вектором протрансформировать бактерию. Далее бактерии росли и множились, размножая наш фрагмент, который затем выделяли, обрабатывали специальными ферментами и метили радиоактивными метками. В конце процесса получали «лесенку», где каждый нуклеотид представлен отдельным столбцом, а присутствие его — полоской в этом столбце. В итоге получалась картинка вроде приложенной к посту.
Длина прочитанной таким образом строки составляла… двести–триста оснований. В то время как размер маленькой плазмиды составлял несколько тысяч оснований, геном бактерии — около четырех миллионов, а у эукариот счет шел на миллиарды.
А способ поделится результатом труда был только один — нужно было опубликовать последовательность в научном журнале. Не стоит описывать, насколько это было неудобно, как для тех, кто публиковался, так и для тех, кто читал. И вот в 1988м году одна из крупнейших научных организаций США, Национальный Институт Здоровья, создала для этих целей базу, доступную в тогда только появлявшимся интернете, и даже устраивала рассылку дампов базы на сд–дисках для тех, кто не имел доступа к интернету. Теперь, вместо того чтобы публиковать несколько страниц малопонятных букв исследователям достаточно было лишь указать в статье ID записи.
Технологии развивались, на смену радиоактивным меткам пришли флюоресцентные, а на смену стекол с гелем и ванночек с фотопроявителем — полностью автоматические секвенаторы. Рос и NCBI — в начале 90х туда встроили программу BLAST, позволяющую сравнивать вновь полученную последовательность с уже известными, так что получив последовательность неизвестного гена, можно было уже сразу пересказать многие его свойства.
Кроме того, в NCBI вросли десятки других баз данных, например библиографическая база научных и медицинских Pubmed, база метаболических путей KEGG, тезаурус болезней человека и тд. Удобство такой интеграции даже трудно описать — смотришь статью, переходишь к последовательности гена, далее к его родственникам, смотришь, с какими болезнями эти гены связаны и тд.
Да и количество записей росло на зависть закону Мура. Наконец, в середине нулевых стали появляться технологии секвенирования нового поколения, благодаря многим из которых стало возможно прочесть геном человека за один запуск прибора; что даже вызвало некоторую панику тех, кто занимается обработкой этих данных.
И вот, над предвестником технологической сингулярности сгустились тучи. Возможно, уникальная инфраструктура будет скуплена Гуглом, или просто развалится, пока власть предержащие будут продолжать делить госбюджет. Нам, помнящим 90е, второй вариант не кажется невероятным.

 

Написал tataat