Российские ученые «отследили» завозы SARS-Cov-2 в страну

Группа ученых из НИИ гриппа им. А.А. Смородинцева и других институтов изучила 211 геномов коронавируса, выделенных из пациентов в марте-апреле. Проведя настоящее детективное расследование, специалисты получили довольно подробную картину начала эпидемии в России и выяснили, как и откуда патоген «приехал» в нашу страну. Оказалось, что было минимум 67 завозов коронавируса из других стран, в том числе из Швейцарии и Саудовской Аравии, но не из Китая.

Часть результатов исследования, опубликованном на сайте препринтов medRxiv, подтверждают уже известные данные, однако некоторые выводы удивили самих ученых.

Так, исследователи убедились, что коронавирус был завезен в Россию многократно, не менее 67 раз. Часть «экспортных» вариантов вируса, возможно, были «перехвачены» на границе или вскоре после, но как минимум 9 завезенных патогенов создали российские варианты (клады) SARS-Cov-2, которые циркулируют только в нашей стране.

«Я практически уверен, что оба эти числа занижены и что реально завозов было гораздо больше; мы это увидим по мере того, как будем больше секвенировать», — написал на своей странице в Facebook один из авторов работы, эволюционный биолог Егор Базыкин.

Исследование также показало, что вирус был завезен в Россию довольно поздно по сравнению с другими странами — в конце февраля-начале марте. Никаких подтверждений более ранних вспышек в России нет. Те же данные получили специалисты НМИЦ гематологии, которые анализируют результаты масштабного тестирования на антитела в России. Как сообщил MedPortal зав.лабораторией трансплантационной иммунологии Григорий Ефимов, все россияне, у которых были выявлены антитела, переболели коронавирусом начиная с февраля.

«Это в Китае люди болели в декабре и в январе. К нам вирус попал, скорее всего, не раньше февраля. То есть когда случилась вспышка, тогда и начали болеть», — отметил эксперт.

Ученым НИИ гриппа также удалось точно либо с высокой степенью вероятности определить, откуда был привезен тот из иной вариант вируса, проанализировав данные о поездках заболевших. В одном случае житель Чечни съездил на хадж в Мекку, и привезенный им вирус кластеризуется с патогенами из Саудовской Аравии. Топ-менеджеры ЯТЭК слетали в Швейцарию и завезли в Якутск «швейцарскую» версию коронавируса. Подавляющее число завозов было из европейских стран, и ни одного — из Китая, хотя на тот момент примерно половина всех разновидностей SARS-Cov-2 была именно там.

«Приехав в Россию, вирус остался в России. Мы не видим никаких следов экспорта российских вариантов наружу (в те страны, откуда есть данные) – в отличие, например, от Великобритании, которая была и остается большим экспортером (не говоря уже об Италии, Испании и т.д., откуда европейская эпидемия начиналась). При этом почти сразу вирус начал циркулировать в России; мы видим внутрироссийскую передачу уже 11 марта», — сообщил Егор Базыкин.

Отдельное внимание авторы исследования уделили вспышке в НИИ им. Вредена — неинфекционной больнице в Санкт-Петербурге, где более 700 человек целый месяц провели в карантине, из них более 400 человек переболели. Губернатор Санкт-Петербурга заявил тогда, что источником распространения инфекции стал сотрудник, вернувшийся из Турции. Проанализировав несколько десятков образцов, взятых в больнице, ученые обнаружили, что вирус попал туда не один раз, а три или четыре, и каждый из этих этих случаев дал собственную малую вспышку.

Несмотря на жесткий карантин, вирус из больницы распространился по всему городу, и множество людей, не имевших отношения к институту, заразились «вреденским» вариантом SARS-Cov-2.

«Геномная эпидемиология будет становиться мощнее с каждой неделей: вирус накапливает изменчивость, и различать разные варианты становится легче. От нее больше пользы, когда случаев не очень много, так что имеет смысл разбираться с ними индивидуально. (Если случаев очень много – всем надо тупо сидеть дома и никакая эпидемиология особо не нужна.), — написал Базыкин. — Если мы собираемся победить коронавирус (и последующие подобные вспышки) и при этом жить нормальной жизнью, то геномная эпидемиология должна стать рядовым ресурсом – наряду с обычными эпидемическими расследованиями и (возможно) использованием мобильных устройств. Я думаю, что масштаб подобных исследований должен быть увеличен во много раз».