В 2005-2006 г. ситуация по поступлению налоговых платежей складывалась неудовлетворительно.
В 2007 г. совместными действиями ФОМС и ФНС России, удалось снизить дефицит доходной части бюджета ФОМС по поступлению налоговых платежей до 514,6 млн. рублей ( по ЕСН – 556,9 млн. рублей) и следовательно, сократить его в 6 раз, по сравнению с 2005 г.
В 2007 г. поступило налоговых платежей в доход бюджета ФОМС на сумму 71 809,0 млн. рублей, что на 28,7% больше, чем в 2006 г. Исполнение бюджета 2007 года в части поступления налоговых платежей составило 104,4 %.
С 1-го полугодия 2007 г. отмечались колебания профицита налоговых поступлений в доход бюджета ФОМС от 800,0 до 2 750,4 млн. рублей.
Несмотря на увеличение с 1 декабря 2007 года доходной части бюджета ФОМС (Федеральный закон от 29.12.2006г. №243-ФЗ «О бюджете Федерального фонда обязательного медицинского страхования на 2007 год (в ред. Федерального закона от 23.11.2007 № 264-ФЗ)) на 2 527,0 млн. руб., впервые за последние 3 года был отмечен профицит налоговых платежей в размере 3 025,7 млн. руб. (по ЕСН – 3012,6 млн. руб.) или 4,4% от суммы плановых налоговых поступлений.
В течение 2007 года проведены 2 заседания межведомственной рабочей группы по взаимодействию Минздравсоцразвития России, ФНС России и ФОМС в планировании и мобилизации единого социального налога, зачисляемого в доход бюджетов фондов обязательного медицинского страхования (далее — межведомственная рабочая группа), созданной в соответствии с приказом Минздравсоцразвития России и ФНС России от 1 декабря 2005 года № 751/САЭ-3-05/656. Работа межведомственной рабочей группы и принимаемые меры способствовали усилению администрирования ФНС России единого социального налога, зачисляемого в доходы бюджетов фондов ОМС.