CRG стандартизирует анализ данных COVID-19, чтобы помочь международным исследованиям
Исследователи из Центра геномного регулирования (CRG) запустили новую базу данных для продвижения международной исследовательской работы по изучению COVID-19.
Общедоступный, бесплатный ресурс (covid.crg.eu) могут быть использованы исследователями со всего мира для изучения того, как различные вариации вируса растут, мутируют и образуют белки.
«Ученые работают круглосуточно, чтобы понять SARS-CoV-2, вирус, вызывающий COVID-19, чтобы мы могли найти его слабые места и победить его. Огромное количество научных данных публикуется по всему миру», — говорит Ева. Новоа, исследователь в CRG в Барселоне.
«Однако некоторые технологии, которые мы используем для изучения SARS-CoV-2, такие как секвенирование РНК с нанопорами, настолько новы, что результаты одной статьи не сопоставимы с другой из-за множества различных используемых стандартов и методологий. Мы берут все эти данные и анализируют их, чтобы они соответствовали более универсально сопоставимому стандарту. Это поможет исследователям быстрее и точнее определить сильные и слабые стороны коронавируса ».
Чтобы понять, как коронавирус растет, мутирует и размножается, ученые должны упорядочить РНК COVID-19. Последовательность РНК раскрывает важную информацию о белках, которые вирус производит для проникновения в человеческие клетки и размножается, что, в свою очередь, информирует правительства об инфекционности и тяжести пандемии.
Традиционные инструменты секвенирования могут занять много времени для получения результатов. В последние годы данные о секвенировании в реальном времени стали реальностью благодаря использованию технологий секвенирования нанопор, революционному исследованию геномики и мониторингу вспышек заболеваний. Секвенирование нанопор обеспечивает ученым и клиницистам немедленный доступ к информации о последовательности ДНК и РНК любой живой клетки в режиме реального времени, что позволяет быстро реагировать на угрозу пандемии.
Однако необработанные данные, полученные в результате секвенирования нанопор, очень сложны. Ученым и клиницистам в настоящее время не хватает систематических руководств для воспроизводимого анализа данных, что ограничивает огромный потенциал зарождающейся технологии.
Для стандартизации анализа общедоступных данных о секвенировании нанопор SARS-CoV-2 исследователи из Центра геномной регуляции (CRG) в Барселоне используют MasterOfPores, компьютерную программу, разработанную группой Eva Novoa и подразделением биоинформатики CRG. Программное обеспечение было впервые описано на прошлой неделе в Границы в генетике,
«Интернет и растущая культура открытой науки, обмена данными и препринтов изменили исследовательскую среду. Инфраструктура, для создания которой потребуется несколько месяцев, чтобы исследовать возникающий вирус, теперь может быть создана всего за несколько дней благодаря новым научным вычислительным подходам, «говорит Юлия Пономаренко, руководитель отдела биоинформатики в CRG.
MasterOfPores может быть запущен на любой Unix-совместимой ОС на компьютере, кластере или в облаке без необходимости установки какого-либо дополнительного программного обеспечения или зависимостей и свободно доступен в Github. Публично доступный бесплатный ресурс в настоящее время проанализировал 3 ТБ данных секвенирования РНК SARS-CoV-2. Исследователи CRG продолжат обновлять ресурс новыми данными, как только он станет доступным.
