Российские ученые научились расшифровывать геном за 20 минут

Ученые из Академгородка в Новосибирске научились расшифровывать геном человека за 20 минут. Планируется, что совершенствованием этой технологии займется малое инновационное предприятие «ГЕОсофтЛАБ». Предприятие создано Новосибирским государственным университетом совместно с Институтом нефтегазовой геологии и геофизики СО РАН и компанией «СофтЛаб-НСК», сообщает Центр общественных связей СО РАН. Учредители уже наметили ряд задач, которые будет решать новое предприятие, сообщает РИА Восток-Медиа.

«Как известно, геофизика — крупнейший, если не самый крупный, потребитель компьютерных ресурсов», — говорит декан факультета информационных технологий НГУ доктор физико-математических наук профессор Михаил Лаврентьев.

Поиск полезных ископаемых и их извлечение — это очень большой и тяжелый счет, огромные задачи. В Новосибирске есть предприятие, которое выпускает зонды для нефтяных скважин, спроектированные в ИНГГ СО РАН. Для обработки полученных данных в институте создано соответствующее программное обеспечение. Но институту не свойственно заниматься продажами, и мы надеемся, что это станет одним из направлений работы созданного предприятия. «СофтЛаб-НСК» займется совершенствованием этого продукта, а университет планирует организацию курсов по владению этим пакетом, требующим профессионального уровня умений. Положительный опыт в этом направлении можно будет распространять и на другие программные решения, пишет портал Сибкрай.ру.

«В конечном итоге мы планируем создать линейку программных продуктов, которые будут обслуживать уникальные приборы, созданные и создаваемые в нашем институте и производимые научно-производственным предприятием геофизической аппаратуры «Луч». Как всем понятно, «железо» ничего не стоит без современной интеллектуальной начинки, созданной с использованием информационных технологий», — добавляет заместитель директора по научной работе ИНГГ СО РАН доктор технических наук Игорь Ельцов.

«Есть совместные наработки с Институтом цитологии и генетики СО РАН по биоинформатике. Например, геном одного человека занимает 3,6 Гб памяти, сейчас геномов расшифровано очень много, эту информацию нужно обрабатывать, это невероятно большие расчеты. Задача «Поиск мотива в геномной последовательности» считается на персональном компьютере 14 дней, на кластере — сутки, на ПК с использованием возможностей современного графического ускорителя — 9 часов, на ПК со специальным графическим ускорителем — 6,5 часов. Институт автоматики и электрометрии СО РАН совместно с «СофтЛаб-НСК» разработали плату, в основе которой лежит кристалл вентильной матрицы, программируемой пользователем (FPGA), с ее помощью эта задача решается 20 минут. Если поставить более дорогой кристалл FPGA, больший по размеру, то, по теоретическим прикидкам, время сократится до 1 минуты. Выигрыш в производительности в сравнении с начальными результатами — 20 тысяч раз, что позволяет браться за новые классы задач. Это потенциальный и очень перспективный продукт для коммерциализации», — считает Михаил Лаврентьев.

Ученые из Академгородка в Новосибирске научились расшифровывать геном человека за 20 минут. Планируется, что совершенствованием этой технологии займется малое инновационное предприятие «ГЕОсофтЛАБ». Предприятие создано Новосибирским государственным университетом совместно с Институтом нефтегазовой геологии и геофизики СО РАН и компанией «СофтЛаб-НСК», сообщает Центр общественных связей СО РАН. Учредители уже наметили ряд задач, которые будет решать новое предприятие, сообщает РИА Восток-Медиа.

«Как известно, геофизика — крупнейший, если не самый крупный, потребитель компьютерных ресурсов», — говорит декан факультета информационных технологий НГУ доктор физико-математических наук профессор Михаил Лаврентьев.

Поиск полезных ископаемых и их извлечение — это очень большой и тяжелый счет, огромные задачи. В Новосибирске есть предприятие, которое выпускает зонды для нефтяных скважин, спроектированные в ИНГГ СО РАН. Для обработки полученных данных в институте создано соответствующее программное обеспечение. Но институту не свойственно заниматься продажами, и мы надеемся, что это станет одним из направлений работы созданного предприятия. «СофтЛаб-НСК» займется совершенствованием этого продукта, а университет планирует организацию курсов по владению этим пакетом, требующим профессионального уровня умений. Положительный опыт в этом направлении можно будет распространять и на другие программные решения, пишет портал Сибкрай.ру.

«В конечном итоге мы планируем создать линейку программных продуктов, которые будут обслуживать уникальные приборы, созданные и создаваемые в нашем институте и производимые научно-производственным предприятием геофизической аппаратуры «Луч». Как всем понятно, «железо» ничего не стоит без современной интеллектуальной начинки, созданной с использованием информационных технологий», — добавляет заместитель директора по научной работе ИНГГ СО РАН доктор технических наук Игорь Ельцов.

«Есть совместные наработки с Институтом цитологии и генетики СО РАН по биоинформатике. Например, геном одного человека занимает 3,6 Гб памяти, сейчас геномов расшифровано очень много, эту информацию нужно обрабатывать, это невероятно большие расчеты. Задача «Поиск мотива в геномной последовательности» считается на персональном компьютере 14 дней, на кластере — сутки, на ПК с использованием возможностей современного графического ускорителя — 9 часов, на ПК со специальным графическим ускорителем — 6,5 часов. Институт автоматики и электрометрии СО РАН совместно с «СофтЛаб-НСК» разработали плату, в основе которой лежит кристалл вентильной матрицы, программируемой пользователем (FPGA), с ее помощью эта задача решается 20 минут. Если поставить более дорогой кристалл FPGA, больший по размеру, то, по теоретическим прикидкам, время сократится до 1 минуты. Выигрыш в производительности в сравнении с начальными результатами — 20 тысяч раз, что позволяет браться за новые классы задач. Это потенциальный и очень перспективный продукт для коммерциализации», — считает Михаил Лаврентьев.