Первое комплексное исследование вирусной ДНК, обнаруженной в раковых клетках

Исследователи из Университета Восточной Англии помогли провести первое комплексное исследование вирусов, обнаруженных в различных типах рака.

Международная группа систематически исследовала ДНК, обнаруженную в более чем 2600 образцах опухолей у пациентов с 38 различными типами рак,

Они обнаружили следы вирусов в 13% исследованных образцов, а также определили некоторые механизмы, которые вирусы используют для запуска канцерогенных мутаций.

Результаты были получены после того, как ученые из UEA впервые предложили способ обнаружения бактерий и вирусов, связанных с раком.

Д-р Дэниел Брюер из Норвежской медицинской школы UEA и приглашенный работник в Институте Эрлхэма (EI) сказал: «Мы уже знали о некоторых сильных связях между инфекциями и раком. Например, наличие Helicobacter pylori в пищеварительном тракте может привести к язве желудка и связан с раком желудка.

«Между тем некоторые виды ВПЧ вирус может привести рак шейки матки,

«Человеческая ткань все больше становится цельной геном Последовательность, как мы переходим в эпоху геномной медицины.

«Когда образцы опухолей секвенированы в целом геноме, ДНК из любых присутствующих патогенов также секвенируется, что позволяет обнаруживать и количественно определять вирусы.

«Это дало нам фантастическую возможность собрать данные, чтобы найти новые ассоциации между вирусами и различными типами рака».

«Впервые было проведено систематическое исследование большинства типов рака для вирусов.

«Это важно, потому что обнаружение новых связей между инфекцией и типами рака может дать вакцины, такие как вакцина против ВПЧ, которые могут уменьшить глобальное воздействие рака».

На сегодняшний день 11 патогенов были идентифицированы как вызывающие рак, включая Helicobacter pyloriнекоторые типы вируса HPV, гепатита B, гепатита C и вируса Эпштейна-Барра.

Во всем мире 640 000 злокачественных новообразований ежегодно вызываются только человеческими папилломавирусами (ВПЧ), а вакцина должна предотвращать подавляющее большинство случаев рака шейки матки.

Новое исследование дает обзор того, какие вирусы играют роль в каких раковых заболеваниях.

Исследователи также искали вирусы, которые ранее не были связаны с канцерогенезом, или даже те, которые были совершенно неизвестны.

Доктор Марк Запатка из DKFZ сказал: «Вопрос о том, какие вирусы связаны с раком, очень актуален в медицине, потому что при раковых заболеваниях, связанных с вирусами, возможна реальная профилактика.

«Если выявлен канцерогенный вирус, есть шанс избежать заражения вакциной, чтобы предотвратить развитие рака».

Исследование было проведено Немецким онкологическим исследовательским центром (DKFZ) и является частью Пан-онкологического анализа цельных геномов (PCAWG), консорциума из более чем 1300 исследователей, объединившихся для установления генетических мутаций или паттернов мутаций ДНК. играют роль в нескольких типах опухолей. Это инициатива, выдвинутая Международным консорциумом по геному рака (ICGC).

Для этого мета-анализа они провели всесторонний биоинформационный анализ данных секвенирования более 2600 геномов опухоли из 38 различных типов рака.

Команда обнаружила следы 23 различных типов вирусов у 356 больных раком. И, как и ожидалось, наиболее распространенными были известные вирусные факторы возникновения и роста опухоли.

Геном вирусов Эпштейна-Барра (EBV), которые, как известно, вызывают ряд различных типов рака (в частности, лимфомы, рак желудка и рак носоглотки) был обнаружен в 5,5% исследованных геномов рака. ДНК вируса гепатита В (HBV) была обнаружена в 62 из 330 случаев рака печени.

Команда обнаружила вирусы папилломы человека, чаще всего HPV16, в 19 из 20 случаев рака шейки матки и в 18 из 57 опухолей головы и шеи.

Доктор Брюер сказал: «Мы обнаружили, что наличие ВПЧ является взаимоисключающим фактором некоторых важных изменений, наблюдаемых при раке головы и шеи, что означает, что вирус ВПЧ может помочь развитию рака без дополнительных изменений в его геноме».

Команда также исключила связь между некоторыми вирусами, включая аденовирусы и бакуловирусы, и раком.

В нескольких случаях команда обнаружила другие вирусы, уже известные как вызывающие рак, такие как ретровирус при раке почки. Другие патогены иногда обнаруживались в опухолях того типа ткани, который они обычно заражают, например, цитомегаловирусы при раке желудка.

В некоторых опухолях, связанных с ВПЧ и ВЭБ, исследователи обнаружили, что характерные мутации драйвера, от которых обычно зависят клетки этих типов рака, отсутствуют. Наличие вируса, по-видимому, поддерживает дегенерацию злокачественных клеток за счет других факторов.

Вирусная интеграция в геном хозяина была обнаружена как наиболее важный механизм, который приводит к мутациям, вызываемым вирусами, особенно вирусами HVB и папилломы.

Доктор Брюер сказал: «Мы также обнаружили, что присутствие вируса в опухоли связано с паттерном изменений в геноме, который связан с неисправными механизмами восстановления повреждений ДНК в клетке человека. Это говорит о роли ослабленных противовирусных препаратов. защита как движущая сила при раке шейки матки, мочевого пузыря и головы и шеи ».

Профессор Питер Лихтер из Немецкого онкологического исследовательского центра (DKFZ) сказал: «При анализе всего генома рака мы обнаружили следы вирусов в значительно большем количестве опухолей, чем в более ранних исследованиях, основанных только на исследовании РНК. Тем не менее, мы не смогли подтвердить распространенное предположение, что другие, пока неизвестные вирусы связаны с раком.

«Однако во многих случаях у нас теперь есть более четкое представление о том, как патогены вызывают злокачественные мутации в клетках».

Исследование финансировалось в Великобритании Фондом по борьбе с раком Боба Чемпиона, организацией Cancer Research UK, Фондом Даллаглио, Масонским благотворительным фондом, Царской семьей и Фондом Харгрейва.

Профессор Дэвид Дирнали из Фонда борьбы с раком Боба сказал: «Это огромное международное совместное предприятие, каталогизирующее вирусные ассоциации рака человека.

«Deep весь геном Определение последовательности из более чем 2600 случаев рака и парных нормальных тканей с использованием надежной методологии, позволяющей избежать «ложного обнаружения», показало, что около 16 процентов случаев рака связано с вирусами, что выше, чем в предыдущих оценках.

«Известные ассоциации ряда вирусов, например, рака шейки матки, головы и шеи, печени и желудка, были подтверждены, но предполагаемые ассоциации с опухолями головного мозга опровергнуты.

«Исследователи изучили механистические объяснения ассоциаций, показывающие, например, что вирусная интеграция может стимулировать высокую экспрессию теломеразы, которая является туморогенной, и подчеркивали потенциальную важность вирусной интеграции для иммунного ответа.

«Новые« попадания »вирусного изолята были редкостью. Результаты дают важное новое понимание классификации опухолей и дают перспективу для разработки новых стратегий таргетирования рака».

Исследователи из Университета Восточной Англии помогли провести первое комплексное исследование вирусов, обнаруженных в различных типах рака.

Международная группа систематически исследовала ДНК, обнаруженную в более чем 2600 образцах опухолей у пациентов с 38 различными типами рак,

Они обнаружили следы вирусов в 13% исследованных образцов, а также определили некоторые механизмы, которые вирусы используют для запуска канцерогенных мутаций.

Результаты были получены после того, как ученые из UEA впервые предложили способ обнаружения бактерий и вирусов, связанных с раком.

Д-р Дэниел Брюер из Норвежской медицинской школы UEA и приглашенный работник в Институте Эрлхэма (EI) сказал: «Мы уже знали о некоторых сильных связях между инфекциями и раком. Например, наличие Helicobacter pylori в пищеварительном тракте может привести к язве желудка и связан с раком желудка.

«Между тем некоторые виды ВПЧ вирус может привести рак шейки матки,

«Человеческая ткань все больше становится цельной геном Последовательность, как мы переходим в эпоху геномной медицины.

«Когда образцы опухолей секвенированы в целом геноме, ДНК из любых присутствующих патогенов также секвенируется, что позволяет обнаруживать и количественно определять вирусы.

«Это дало нам фантастическую возможность собрать данные, чтобы найти новые ассоциации между вирусами и различными типами рака».

«Впервые было проведено систематическое исследование большинства типов рака для вирусов.

«Это важно, потому что обнаружение новых связей между инфекцией и типами рака может дать вакцины, такие как вакцина против ВПЧ, которые могут уменьшить глобальное воздействие рака».

На сегодняшний день 11 патогенов были идентифицированы как вызывающие рак, включая Helicobacter pyloriнекоторые типы вируса HPV, гепатита B, гепатита C и вируса Эпштейна-Барра.

Во всем мире 640 000 злокачественных новообразований ежегодно вызываются только человеческими папилломавирусами (ВПЧ), а вакцина должна предотвращать подавляющее большинство случаев рака шейки матки.

Новое исследование дает обзор того, какие вирусы играют роль в каких раковых заболеваниях.

Исследователи также искали вирусы, которые ранее не были связаны с канцерогенезом, или даже те, которые были совершенно неизвестны.

Доктор Марк Запатка из DKFZ сказал: «Вопрос о том, какие вирусы связаны с раком, очень актуален в медицине, потому что при раковых заболеваниях, связанных с вирусами, возможна реальная профилактика.

«Если выявлен канцерогенный вирус, есть шанс избежать заражения вакциной, чтобы предотвратить развитие рака».

Исследование было проведено Немецким онкологическим исследовательским центром (DKFZ) и является частью Пан-онкологического анализа цельных геномов (PCAWG), консорциума из более чем 1300 исследователей, объединившихся для установления генетических мутаций или паттернов мутаций ДНК. играют роль в нескольких типах опухолей. Это инициатива, выдвинутая Международным консорциумом по геному рака (ICGC).

Для этого мета-анализа они провели всесторонний биоинформационный анализ данных секвенирования более 2600 геномов опухоли из 38 различных типов рака.

Команда обнаружила следы 23 различных типов вирусов у 356 больных раком. И, как и ожидалось, наиболее распространенными были известные вирусные факторы возникновения и роста опухоли.

Геном вирусов Эпштейна-Барра (EBV), которые, как известно, вызывают ряд различных типов рака (в частности, лимфомы, рак желудка и рак носоглотки) был обнаружен в 5,5% исследованных геномов рака. ДНК вируса гепатита В (HBV) была обнаружена в 62 из 330 случаев рака печени.

Команда обнаружила вирусы папилломы человека, чаще всего HPV16, в 19 из 20 случаев рака шейки матки и в 18 из 57 опухолей головы и шеи.

Доктор Брюер сказал: «Мы обнаружили, что наличие ВПЧ является взаимоисключающим фактором некоторых важных изменений, наблюдаемых при раке головы и шеи, что означает, что вирус ВПЧ может помочь развитию рака без дополнительных изменений в его геноме».

Команда также исключила связь между некоторыми вирусами, включая аденовирусы и бакуловирусы, и раком.

В нескольких случаях команда обнаружила другие вирусы, уже известные как вызывающие рак, такие как ретровирус при раке почки. Другие патогены иногда обнаруживались в опухолях того типа ткани, который они обычно заражают, например, цитомегаловирусы при раке желудка.

В некоторых опухолях, связанных с ВПЧ и ВЭБ, исследователи обнаружили, что характерные мутации драйвера, от которых обычно зависят клетки этих типов рака, отсутствуют. Наличие вируса, по-видимому, поддерживает дегенерацию злокачественных клеток за счет других факторов.

Вирусная интеграция в геном хозяина была обнаружена как наиболее важный механизм, который приводит к мутациям, вызываемым вирусами, особенно вирусами HVB и папилломы.

Доктор Брюер сказал: «Мы также обнаружили, что присутствие вируса в опухоли связано с паттерном изменений в геноме, который связан с неисправными механизмами восстановления повреждений ДНК в клетке человека. Это говорит о роли ослабленных противовирусных препаратов. защита как движущая сила при раке шейки матки, мочевого пузыря и головы и шеи ».

Профессор Питер Лихтер из Немецкого онкологического исследовательского центра (DKFZ) сказал: «При анализе всего генома рака мы обнаружили следы вирусов в значительно большем количестве опухолей, чем в более ранних исследованиях, основанных только на исследовании РНК. Тем не менее, мы не смогли подтвердить распространенное предположение, что другие, пока неизвестные вирусы связаны с раком.

«Однако во многих случаях у нас теперь есть более четкое представление о том, как патогены вызывают злокачественные мутации в клетках».

Исследование финансировалось в Великобритании Фондом по борьбе с раком Боба Чемпиона, организацией Cancer Research UK, Фондом Даллаглио, Масонским благотворительным фондом, Царской семьей и Фондом Харгрейва.

Профессор Дэвид Дирнали из Фонда борьбы с раком Боба сказал: «Это огромное международное совместное предприятие, каталогизирующее вирусные ассоциации рака человека.

«Deep весь геном Определение последовательности из более чем 2600 случаев рака и парных нормальных тканей с использованием надежной методологии, позволяющей избежать «ложного обнаружения», показало, что около 16 процентов случаев рака связано с вирусами, что выше, чем в предыдущих оценках.

«Известные ассоциации ряда вирусов, например, рака шейки матки, головы и шеи, печени и желудка, были подтверждены, но предполагаемые ассоциации с опухолями головного мозга опровергнуты.

«Исследователи изучили механистические объяснения ассоциаций, показывающие, например, что вирусная интеграция может стимулировать высокую экспрессию теломеразы, которая является туморогенной, и подчеркивали потенциальную важность вирусной интеграции для иммунного ответа.

«Новые« попадания »вирусного изолята были редкостью. Результаты дают важное новое понимание классификации опухолей и дают перспективу для разработки новых стратегий таргетирования рака».