Браузер генома UCSC публикует геном коронавируса
Научно-исследовательский институт геномики Калифорнийского университета в Санта-Круз будет содействовать исследованию нового вируса пневмонии на рынке морепродуктов в Ухане, смертельного «коронавируса», который вынудил китайское правительство изолировать более 50 миллионов человек в густонаселенном промышленном центре страны. Команда Genome Browser Института геномики опубликовала полный биомолекулярный код вируса для использования исследователями во всем мире.
«Когда мы отображаем данные о коронавирусе в UCSC Genome Browser, это позволяет исследователям взглянуть на вирус«структурируйте и, что более важно, работайте с ним, чтобы они могли исследовать, как они хотят его атаковать», — сказал инженер UCSC Genome Browser Хирам Клоусон.
Образцы вируса были обработаны в лабораториях по всему миру, и необработанная информация о его генетический код был отправлен во всемирное хранилище геномной информации в Национальном центре биоинформатики Национального института здравоохранения США (NCBI) в Бетесде, штат Мэриленд.
«NCBI — это всемирное хранилище, созданное в самые первые годы геномики», — сказал Клоусон. «Когда люди находят новые вирусы, они отправляют их в NCBI, и NCBI присваивает им имя и номер, чтобы каждый мог обратиться к точному образцу. Как только они обработали геномную информацию, она стала доступна всему миру из базы данных. «.
Оттуда UC Santa Cruz Genome Browser обрабатывает информацию для визуального отображения вируса.
NCBI назвал вирус пневмонии на рынке морепродуктов в Ухане 2019-nCoV, обозначающий новый коронавирус, открытый в 2019 году.
Калифорнийский университет в Санта-Крузе получил информацию, состоящую из 29 903 нуклеотидов — пар оснований, составляющих молекулы ДНК и РНК, которые кодируют всю жизнь на Земле.
«Когда мы получаем эти данные из NCBI, это один файл с буквами из ДНК или РНК (A, C, G и T)», — сказал Клоусон. «Это одна из одноцепочечных РНК, относительно простая структура.
Эта информация обрабатывается и помещается в базу данных, где браузер Genome может получить доступ к материалу и отобразить его в веб-браузер в гораздо более полезном формате.
«Что делает Genome Browser таким ценным, так это то, что он такой визуальный», — сказал Клоусон. «Это очень ясно показывает, где все находится, поэтому, когда люди проводят интересные измерения относительно генома вируса, они могут видеть, на что они смотрят», — сказал Клоусон.
Исследователи могут увеличивать и уменьшать масштаб генома. Это позволяет им видеть пары оснований на самом детальном уровне. Или они полностью уменьшают масштаб и видят 10 отдельных генов, которые составляют 29 903 пары оснований.
Браузер также содержит дорожку CRISPR, которая позволяет исследователям видеть, где они могут склеивать генетический материал и как они могут его разрезать. С CRISPR, исследователи могут редактировать генетический материал, чрезвычайно ценный инструмент для определения, какие гены делают что.
«В случае этого вируса, — сказал Клоусон, — существует приблизительно десять генов, и самым большим из них является его остроконечный белок», относящийся к химическому отделу позвоночника, который вирус использует, чтобы зацепиться за клетки человека и захватить их клеточные механизмы, чтобы размножаться. «Таким образом, они могли бы внести изменения, чтобы увидеть, делает ли он остаточный белок более или менее вирулентным».
Браузер также позволяет создавать аннотации, поэтому исследователи во всем мире могут сотрудничать и делиться экспериментальной информацией.
Для просмотра генома коронавируса, пожалуйста, посетите: genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?db=wuhCor1
Для получения дополнительной информации о UCSC Genome Browser в UC Santa Cruz Genomics Institute, пожалуйста, посетите: https://genome.ucsc.edu/
