Атлас расправил плечи
Для чего нужен комплексный генетический атлас человека
Фотография: Leslie GaffneyПонять, почему у людей есть восприимчивость к различным заболеваниям и уточнить механизмы генетической изменчивости поможет комплексный генетический атлас человека. Участие в его составлении принимает и исследователь из МГУ.
Исследователи, принимающее участие в проекте GTEx Project (The Genotype-Tissue Expression Project), в рамках которого они занимаются созданием комплексного атласа экспрессии генов человека, опубликовали первые результаты своих исследований в одном из самых престижных научных журналов Science.
Приведенные данные помогут лучше понять механизмы генетической изменчивости, а как следствие и восприимчивости людей к различным заболеваниям.
В трех статьях представителей GTEx Project, которые явились результатом двухлетней работы, рассказывается, как генетические варианты управляют тем, как и когда «включаются» и «выключаются» гены в разных тканях, а также о том, как они предрасполагают людей к раку, диабету и сердечно-сосудистым заболеваниям.В числе авторов и доцент факультета биоинженерии и биоинформатики Дмитрий Первушин, который также работает в Центре регуляции генома и Университете Помпеу Фабра в Барселоне. Его роль в этом проекте заключалась в нахождении и характеризации микроэкзонов -— коротких фрагментов генома, экспрессирующихся преимущественно в мозге.
В статье, одним из авторов которой он является, рассказывается о том, как меняется экспрессия генов в зависимости от органов и тканей. В частности, исследователям удалось установить, что генетическая активность преимущественно отличается в органах и тканях.
При этом у отдельных людей большинство генов экспрессируются схожим образом, а отличия наблюдаются лишь в 5% случаев в зависимости от пола, возраста и этнической принадлежности человека.
Так, половой принадлежностью обусловлена работа более 750 генов, большинство из которых связаны с молочной железой. При этом отличия в генетической экспрессии африканцев и европейцев связаны с кожей. Кроме того, ученые изучили порядка 2 тыс. генов, наличие или отсутствие которых обусловлено возрастом.
В целом, они представляют порядка 10% ото всех генов человека. Среди них имеются и гены, которые связаны с нейродегенеративными заболеваниями, такими как болезни Альцгеймера и Паркинсона.
Наконец, исследователи смогли установить, что даже если в различных органах и тканях экспрессия одних и тех же генов происходит по-разному, то число генов, экспрессирующихся лишь в определенных тканях и органах, довольно мало.
Сам по себе проект GTEx – явление уникальное. Предполагается, что в рамках проекта будут изучены образцы тканей 900 людей, которые перед смертью согласились стать донорами. В качестве образцов для исследований берутся порядка 30 фрагментов тканей и органов. При этом ученые анализируют геномную ДНК и экспрессию, то есть РНК.
Исследователи уверены, что чем больше образцов они изучат, тем более точный атлас экспрессии генов человека они смогут создать. Например, сравнивая генетические варианты людей с определенным заболеванием с генетическими вариантами тех, кто этим заболеванием не болел, ученые смогут понять, чем обусловлены эти заболевания, а также понять чем обусловлена предрасположенность к ним.
Предполагается, что в течение 2015 года число доноров проекта станет равно тысяче человек, а ученые получат для исследований порядка 20 тыс. образцов тканей. Подобные масштабы делают проект GTEx уникальным не только в сфере исследований, но и по логистике.
