В связи с этим Y-хромосома не подвергается генетической рекомбинации («перетасовке генов»), которая случается в каждом новом поколении. В норме рекомбинация позволяет удалить мутации, повреждающие гены. Получается, набор генов, отвечающий за формирование мужского пола, со временем дегенерирует и пропадает из генома.
При этом хромосома вырабатывает механизмы, чтобы затормозить этот процесс. К примеру, было доказано: в Y-хромосоме происходит активный процесс амплификации — появления нескольких копий генов, отвечающих за функционирование половых органов мужчин. Плюс, процесс тормозят палиндромы. В целом даже в случае полного исчезновения Y-хромосомы ген SRY может переместиться на другую хромосому, которая, в свою очередь, начнет испытывать недостаток рекомбинации.



