Одно из содержательных отличий касается описания сферы деятельности территориальных органов. В документе 2021 года прямо упоминались подготовка и выполнение космических полетов, водолазные и кессонные работы, а также объекты и территории закрытых административно-территориальных образований. В новом проекте эта конкретика заменена более общей формулировкой об организациях отдельных отраслей промышленности с особо опасными условиями труда и отдельных территориях, закрепленных за территориальным органом приказами или распоряжениями ФМБА России. В проекте уточняется, что надзор распространяется и на другие предприятия и учреждения независимо от организационно-правовой формы, которые размещаются на территории обслуживаемых организаций или обеспечивают их деятельность.
Заметно обновлен блок полномочий в сфере контроля. Вместо «учета объектов контроля» и «организации и проведения контрольных мероприятий» проект использует актуальную терминологию Федерального закона № 248-ФЗ: ведение перечня объектов контроля в едином реестре видов контроля, подписание данных об объекте контроля с указанием категории риска, совершение контрольных действий.
Появляются новые полномочия, которых не было в приказе 2021 года: принятие решений по результатам обязательного профилактического визита, рассмотрение и принятие решений при получении извещений о реакциях и осложнениях у реципиентов и доноров, а также установление причин и выявление условий возникновения и распространения инфекционных заболеваний и массовых неинфекционных заболеваний. Расширен и перечень государственных услуг: вместо приема уведомлений о начале предпринимательской деятельности добавлена аттестация экспертов, привлекаемых ФМБА России и его территориальными органами к осуществлению экспертизы в целях государственного контроля.
В проекте существенно переработан раздел о правах территориального органа. В частности, появляются положения о предъявлении исков в суд и арбитражный суд при нарушении санитарного законодательства и о направлении информации в уполномоченный орган при выявлении в ходе контрольного мероприятия признаков преступления. Также добавлены права получать информацию о реакциях и осложнениях у доноров и реципиентов, проводить по ним расследования, участвовать в расследовании поствакцинальных осложнений и получать сведения о каждом впервые выявленном случае профессионального, инфекционного и паразитарного заболевания. Кроме того, проектом вводится право образовывать совещательные органы для обсуждения вопросов обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия и безопасности донорской крови.
С июня 2024 года ФМБА находится в ведении Президента РФ. Положение о Федеральном медико-биологическом агентстве Владимир Путин утвердил в июле того же года. В документе, например, прописаны требования к количеству заместителей руководителя агентства, предельная численность работников центрального аппарата и территориальных органов, а также регламентируется фонд оплаты труда этих сотрудников.
В сентябре 2025 года глава государства подписал указ о расширении полномочий ФМБА. Теперь в пределах своей компетенции ведомству необходимо утверждать порядок проведения испытаний образцов специальных средств нелетального действия. Речь идет о средствах, которыми, например, пользуются сотрудники правоохранительных органов (полицейские газы, биохимические спецсредства).
